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生态环境分区管控是生态文明制度建设的重要实践创新。《意见》提出四个阶段性目标：到2025年，生态环境分区管控制度基本建立，初步形成全域覆盖、精准科学的生态环境分区管控体系；2027年，生态环境分区管控成果不断优化，生态保护红线、环境质量底线、资源利用上线、总体准入要求硬约束全面落实；到2030年，生态环境分区管控成果充分应用，生态环境质量得到进一步改善，绿色发展和绿色生活水平显著提升；到2035年，生态环境分区管控制度全面建立。

《意见》还提出了制定生态环境分区管控方案、精准确定生态环境管控单元及准入清单、推进信息化智能化应用平台建设、统筹开展定期调整与动态更新、积极服务重大发展战略、深化分区管控成果支撑综合决策、加快推进产业结构绿色低碳转型、筑牢生态安全屏障、助力污染防治攻坚、全面强化生态环境保护政策协同等10项具体任务。